[Evangelion -Argumento-]

Basada supuestamente en los hechos anunciados por el Apocalipsis y vaticinados en los Manuscritos del Mar Muerto (en realidad, éstos y otros símbolos han sido tomados de forma no-literal, aprovechando el misticismo que encierran en el mundo occidental), la serie narra una historia poco común donde se hace énfasis en las emociones humanas, en las historias personales de cada protagonista y en la supervivencia contra los ángeles, para evitar la destrucción de la humanidad.

El 13 de Septiembre del año 2000 de la era cristiana, tiene lugar la colisión de un asteroide contra la Tierra, en el hemisferio sur, más exactamente, en la Antártida. Este fenómeno es denominado 'Segundo Impacto'. (El Primer Impacto, de acuerdo a un documento mostrado en el capítulo siete, es un impacto de meteorito ocurrido hace 4 mil millones y que produjo la escisión de la Luna a partir de la Tierra). En etapas tempranas de la serie se define el Segundo Impacto como la colisión de un asteroide o meteorito contra la Tierra en la Antártida, que tiene como consecuencia el derretimiento de los polos y la alteración del eje terrestre. Posteriormente, es revelado que la anterior es la explicación pública del suceso; la realidad del Segundo impacto tiene que ver con pruebas científicas efectuadas a partir de los restos de una criatura gigantesca encontrada en el polo sur.

Como consecuencia de este desastre, el caos se apodera de la civilización. El nivel de las aguas sube debido a la fusión de las masas polares, la rotación de la tierra cambia; los cambios climáticos afectan a las cosechas, ciudades enteras quedan sumergidas, y más de la mitad de la población mundial perece. Las Naciones Unidas inician la reconstrucción de la civilización, y al llegar al año 2015, nos encontramos con un mundo en una relativa paz y prosperidad.

Es en ese momento cuando una nueva amenaza se cierne sobre la especie humana: Un ser de origen desconocido, denominado "Ángel", al cual se lo identifica con el nombre de "Sachiel", invade la recientemente reconstruida ciudad de Tokio 3.

Las fuerzas militares nada pueden hacer contra este ser misterioso, por lo que se convoca a una organización secreta, dependiente de las Naciones Unidas, llamada NERV ("nervio", en alemán).

NERV posee varias bases esparcidas por todo el planeta, pero es en especial la situada bajo Tokio 3 el destino del ser desconocido. Allí se encuentra Gendō Ikari, científico superviviente de la misión enviada a la Antártida en el año 2000, como cabeza visible de la organización. Su hijo Shinji Ikari, junto a otros jóvenes seleccionados tienen la tarea de manejar las "unidades multiproposito Evangelion" o EVAs como se los denomina, enormes seres humanoides(los cuales se revela después que realmente no son robots). Estos EVAs resultan ser las únicas unidades capaces de enfrentarse a los ángeles.

Un primer enfrentamiento resulta en una victoria para Nerv. Pero el "ángel" Sachiel es sólo el primero de una serie de seres, los cuales su misión al parecer es destruir a la humanidad, más adelante se revela el porque de los ataques por parte de los ángeles solamente a la ciudad de tokio 3, más que nada a la base de Nerv que se encuentra abajo de tokio; Luego le seguirán otros, de distinta naturaleza. Si bien los primeros ángeles montan ataques físicos, que pueden vencer las unidades Evangelion, luego cambiarán sus métodos de acción, llegando a ataques psíquicos directos a los pilotos, virus informáticos, nanomáquinas, posesiones de otras unidades Eva, e incluso ataques a través de una sombra tetradimensional llamada en la serie Mar de Dirac.